Il territorio fu sicuramente assoggettato al dominio romano; il centro sorge infatti lungo l’antico asse della strada Traiana Calabra. In seguito alla dominazione bizantina del Salento, Carpignano appartenne al Thema di Longobardia fondato nell’892 circa. Di questo periodo resta l’importante cripta bizantina di Santa Cristina con affreschi risalenti al X secolo.
La storia della Terra di Carpignano durante il Basso Medioevo e per tutta l’età moderna fu contrassegnata, già a partire dal XII secolo, da una serie di feudatari che si succedettero nel governo del feudo durante la dominazione normanna (XI-XII sec.), sveva (XII-XIII sec.), angioina (XIII-XV sec.), aragonese (XV sec.) e, infine, spagnola (XVI-XVIII sec).
Intorno alla fine del XIII secolo la Terra di Carpignano, non ancora inclusa nel territorio di pertinenza, della Contea di Lecce, ne entrò a far parte a pieno titolo.
Il considerevole elenco dei feudatari che si alternarono nel possesso di questa terra, ad un certo momento, si restringe fino a comprendere un numero ben più limitato di famiglie nobili che ebbero stabilmente e per lunghi periodi la signoria sul feudo in questione. La prima di queste famiglie fu quella dei del Balzo-Orsini, il cui capostipite, Giovanni Antonio, fu signore della Contea di Lecce nonché della Terra di Carpignano fino al 1436, anno della sua morte. Della presenza dei del Balzo-Orsini nel territorio carpignanese parlano due stemmi della famiglia posti sulla porta della torre colombaia sita in contrada Cacorzo.
Quando, agli inizi del XVI secolo, l’Italia meridionale passò sotto il dominio spagnolo, il re Ferdinando il Cattolico concesse la Terra di Carpignano al feudatario Federico Uries, nobile originario della Spagna, trasferitosi poi in Terra d’Otranto. Nel 1574 un discendente di Federico, Ugo Uries, vendette il feudo a Niccolò Personè. Per trent’anni, più precisamente dal 1574 al 1604, i Personè furono i signori del feudo. Verso la fine del 1604 il feudo di Carpignano fu venduto da Gio. Camillo Personè a Fabrizio Lanario [d’Aragona], conte di Sacco, per 33000 ducati.
Dopo i Lanario la signoria passò ai Matuda deAzzevedo, i quali la esercitarono col titolo di “principi di Carpignano”.
Tra gli anni Venti e Trenta del Seicento il feudo fu acquisito dai duchi Ghezzi, orvietani d’origine. Carlo Ant. Ghezzi fu il primo duca di Carpignano.
Durante il Regno d’Italia fu sede di pretura.
